Для того чтобы сделать мануальную джобу необязательной нужно пометить ее как `allow_failure: true`.
Документация.
Но если речь идет только про МР, то возможно использовать эту опцию внутри rules и например сделать так:
job_name:
rules:
- if: $CI_PIPELINE_SOURCE == "merge_request_event"
when: manual
allow_failure: true
