Да, код нужно чтобы загружался и срабатывал на каждой странице, которую вы хотите отслеживать и видеть статистику использования.
Насчёт index.php - обратитесь к вашему разработчику, тут зависит слишком от многих вещей.
Я советую вам добавить google tag manager(его так же нужно установить на каждой странице), а уже в дашборде google tag manager добавлять аналитику и другие скрипты. С google tag manager вам не нужно будет лишний раз трогать разработчика, бОльшую часть задач по добавлению аналитики, метрики и других подобных штук нужных маркетологу(и около) можно добавлять самому. В интернете полно уроков на этому инструменту, советую изучить.
