Вам нужна программа для отправки данных в микроконтроллер и получения данных из него по последовательному порту? Тогда это называется "терминал" и вот примеры: easyelectronics.ru/terminalnye-programmy.html
"можно ли через GPS сигнал отослать сообщение" - разумеется, если у вас есть контроль на соответствующим спутником! Почитайте про GPS прежде чем изобретение городить...
Отключение DMA могло быть, в теории. Или падение производительности дисковой подсистемы по иным причинам. Я бы предложил смотреть на производительности отдельных кусков системы: CPU, HDD, RAM
Толком не ясно по фото, но похоже на винты, которые можно только закрутить. Я бы предложил в таком случае аккуратно высверлить и потом заменить на обычные.