Можно. Пишете две программы: одну для PC, которая шлет запросы в плату и принимает ответы. И вторую - для платы, которая принимает команды с PC, обрабатывает их и шлет данные назад.
Простейший скриптец на питоне решит вашу задачу. Рекурсивный обход каталога, для каждого из встреченных каталогов - запуск архиватора в режиме, когда архивируются только файлы.
Да. Выделяете память, копируете в нее DLL с перемещением секций как это делает загрузчик, потом импорты-экспорты-релоки правите... В общем, нужно писать собственный загрузчик.