Уточнение: даже когда сам php скрипт запускаю через консоль, все прекрасно, но когда этот скрипт через браузер, то mysqldump создает пустой файл, а если использовать gzip сжатие, то файл размером 20Б
А если между "Обрабатываете строки." и "По тому же условию обновляете строки." произойдет изменение таблицы t1 (например вставка записи). То это условия уже станет не актуальным. Как этого избежать?