Прошу прощения, все работает, неправильно указал путь к файлу. НО!!! опять та же проблема. php-скрипт который вызывает шел скрипт работает если запускать скрипт через консоль, но через браузер опять пустой бекап. (((((
Проблему решил использую временную таблицу, в которую записываю результат выборки записей, которые нужно обработать, обрабатываю их и потом у них же меняю флаг. Получается как переменная. Может есть способ лучше?