FFmpeg сыпется картинка, как исправить?

Как я понял, у вас звук идет в MP2 и в FLV его нельзя завернуть. Поэтому, видео можно оставить как есть (-c:v copy), а аудио нужно перекодировать ('-c:a libfaac' - для AAC или '-c:a libmp3lame' - для MP3).

Транскодирование аудио не столь ресурсозатратный процесс.