Лучше всего если это будет делать сайт (судя по контексту вопроса - вы же контролируете и код сайта). Добавьте параметр в запрос/cookie/HTTP-заголовок, который будет указывать что необходимо отдавать страницу без header/footer и посылайте параметр из вашего приложения.
А браузер этот параметр посылать не будет и для него все останется как прежде.