Сделать 2 копии:
bot.service
bot2.service (сделать соответствующие изменения и в самом файле)
2 копии:
/usr/local/bin/bot
/usr/local/bin/bot2
2 копии:
/usr/local/bin/bot/bot.py
/usr/local/bin/bot2/bot2.py
Ну и в консоли тоже самое с подключением сервиса, но для bot2