$SectList = CIBlockSection::GetList(array(), array("IBLOCK_ID"=>3, "ACTIVE" => "Y") ,false, array("*"));
while ($SectListGet = $SectList->GetNext()){
// вот тут смотрите элементы массива для каждого раздела
echo '<pre>'; print_r($SectListGet); echo '</pre>';
// и вот в этом результате ищите элемент ELEMENT_CNT в нем и будет количество
}
$res = CIBlockSection::GetList(array("SORT"=>"ASC", "NAME" => "ASC"), array("IBLOCK_ID" => 3),false, array("*"));