1) Для текстовых данных — 4MB — это очень много, все бинарные данные уйдут в GridFS
2) В версии 1.7 это возможно будет настраиваться
3) Если вы все же выйдете за пределы 4MB, то решается изменением структуры БД — для приведенного примера делаем коллекцию комментариев «плоской» со ссылками. Подробнее по вариантам работы с древовидными данными в Mongo см www.mongodb.org/display/DOCS/Trees+in+MongoDB
