Попробуй удалить пакеты через dpkg --purge <имя_пакета> (или apt-get remove --purge <имя_пакета>), а после от рута:
apt-get update
apt-get upgrade
apt-get autoclean
apt-get clean
apt-get autoremove
Только внимательно следи за выводом в консоле.
После того как удалишь nodejs, проверь, не осталось ли хвостов - dpkg -L node. Может теперь у тебя два раза установлен nodejs и в файлах каша.
Потом установи все заново, но только через apt-get либо Synaptic.
P.S. устанавливать что либо необходимо через пакетный менеджер, и в крайних случаях, если необходимого нет в репозиториях, инсталляторов скачанных с сайтов, даже официальных
Та я не то чтобы предлагаю строить таким образом сайты, а чисто из теоретически интересно можно ли реализовать такое или нет, а если да, то как оно будет работать. Я же в посте это описал.
