Переустановить конечно. Либо сделать клон системы на SSD диск, скорее всео проблема в том что система любит все грузить параллельно с жесткого диска, что создает тормоза дикие при загрузке.
Был iMac 2009 — тож со временем начинал грузиться медленно, сама система работала хорошо.
Сменил на macbook air 2011 в котором SSD, использую с сентября 2011 — система грузится за 4 секунды примерно до выбора пользователя, логинится еще секунды 2, с восстановлением всех открытых окон