Это моё мнение.
Для ссылок в тексте, что бы не терялась страница с которой перешел, не дочитав текст.
Для стороних ссылок, что бы на ваш сайт вернулись потом.
как я понял подпункты у вас отдельные страницы и при клике на подпункт обновляется страница и все пункты скрываются.
Тогда добавляете на бекэнде активному подпункту класс current-link
и после вашего $("#menu ul").hide();
добавляете $("#menu .current-link").parents('ul').show();