twolegs

setInterval возвращает id таймер, который вам следует сохранять в каком-нибудь поле/переменной. А далее просто clearInterval с сохранным id.

Полагаю, что приведение парсится криво (особенно если в этом же файле есть темплейт).

Предлагаю переписать так:
(this.$refs.fileInput as HTMLElement).click()

Злоупотребление этими типами действительно может выглядеть как дурно пахнущий код.
Но тот же Partial лучше рассматривать как синтаксический сахар - например в том же c# и java ссылочные поля по умолчанию могут принимать null, поэтому там такого не надо.
Omit же я бы не рекомендовал использовать там, где есть возможность контролировать типы. То есть если вы хотите модифицировать тип из какой-то библиотеки - Omit будет удобен, в случае если это ваш код, то я бы избегал его использования.

Это нужно для того, чтобы сохранять ссылку на сам ref-объект.
То есть `useRef` всегда возвращает ссылку на один и тот же объект.
Таким образом становится возможно использовать его без лишних апдейтов в том же useEffect.

create react-app создает только фронтенд.
Просто современные реалии фронтенда таковы, что для его сборки необходима node.js
Все это необходимо для того, чтобы собрать в папку build бандл с вашим приложением.

В render такое делать нельзя. Место для такой подписки - componentDidMount. Думаю, правильнее будет подписаться один раз, и не делать ничего, если isMenuOpen в true.

if (isMenuOpen) {
      document.addEventListener('keydown', this.keyPressHandler)
    } else {
      document.removeEventListener('keydown', this.keyPressHandler)
    }

Остальное (организация компонент) - это скорее вкусовщина. Но если смотреть в целом - нет какой-то консистентности. Где-то есть компоненты для логических элементов, где-то нет.

Похоже, что вы на windows пытаетесь запустить скрипт, который к этому не приспособлен.
NODE_ICU_DATA - это переменная окружения, попробуйте устанавливать ее через cross-env (https://www.npmjs.com/package/cross-env). Но не уверен. что pwd будет работать даже в этом случае.

Сложно сказать, насколько это вообще ад.
Да, возможно стек старый, но с архитектурной точки зрения приложение может быть сделано хорошо.
Ваша проблема сейчас в том, что вы в какой-то мере начали понимать типичный реакт стек, но не видели мира за его пределами.
Приложения на реакте, как правило, это пример плохой архитектуры. В реакте есть какие-то общие практики, но сейчас вы не можете сказать хороши они или нет, потому что вы не работали с другими.
Мой совет - продолжить работать и попытаться понять глобально как работает продукт, какие архитектурные паттерны и решения в нем используются.
Когда вы пройдете стадию отрицания и разберетесь в том, как все работает, у вас будет два пути - либо вы поймете что код на самом деле не так плох, и почерпнете для себя несколько хороших идей, либо окончательно убедитесь что код и в самом деле говно, но с полноценным набором причин, а не теми, что вы описали. Сейчас ваше описание выглядит просто как неаргументированная паника разработчика, который столкнулся с чем-то отличным от базового стека. Анализируйте, изучайте. То, как не надо делать - это тоже хороший опыт.