Andrei Vukolov

Я вижу несколько вариантов:
1) Заранее выделять/резервировать память в результирующем контейнере (resize()/reserve()). Можно просто где-то много памяти выделить и как буфер её использовать.
2) Использовать другую структуру данных для результата. Но тут должен быть баланс, возможно вы лишитесь преимущества кэш-линии, но быть может это будет не критично.
3) Можно просто в какой-то структуре хранить объекты, а потом собирать, когда достаточно накопится.

Такое надо делать вручную. В старых играх очень изощрались для того, чтобы скрыть формат данных. Вплоть до модифицирования кодеков.

Мы часто пользовались услугами программы Restorator, довольно милая программка по разбору всеразличных архивов и баз данных на состовные части.