Во-первых у меня есть вопрос к

wp_deregister_script('jquery');
      wp_enqueue_script('jquery' ...

У вас есть какая-то отдельная необходимость в том чтобы не использовать встроенную в WP jquery и подключать её заново? Если нет, то не нужно этого делать, используйте встроенную.

Во-вторых, если вы используете jquery в своем файле main.js, то стоит указать dependencies (deps) - у вас передана пустая строка вместо ['jquery'] или array('jquery').
То же самое со скриптом bootstrap.min.js - он 100% зависит от jquery, но dependencies у вас пустые.

В-третьих, не стоит использовать $() для обращения к jquery в своем коде. В WP из-за этого могут быть конфликты. Либо используйте jQuery(), либо оберните свой код в jQuery(document).ready(function ($) { /*...*/ }) (или короче: jQuery(function ($) {/*...*/}), но тогда не очень удобно искать все .ready события по проекту, тут уже на ваш вкус) и уже внутри используйте $().

Не уверен что это решит вашу проблему, но в любом случае к этому стоит прислушаться.

Насчет "все следы стираются" - совсем не факт. Многие "следы" остаются в базе если разработчик плагина не предусмотрел их удаление (например, не очистил базу от своих кастомных таблиц на хук деактивации/удаления плагина и тп).

Я бы переименовал плагин обратно - теперь он должен стать неактивным, а значит не должен ничего ломать. Далее просто удалил бы его в штатном режиме.