Во-первых у меня есть вопрос к
wp_deregister_script('jquery');
wp_enqueue_script('jquery' ...
У вас есть какая-то отдельная необходимость в том чтобы не использовать встроенную в WP jquery и подключать её заново? Если нет, то не нужно этого делать, используйте встроенную.
Во-вторых, если вы используете jquery в своем файле main.js, то стоит указать dependencies (deps) - у вас передана пустая строка вместо
['jquery'] или
array('jquery').
То же самое со скриптом bootstrap.min.js - он 100% зависит от jquery, но dependencies у вас пустые.
В-третьих, не стоит использовать
$() для обращения к jquery в своем коде. В WP из-за этого могут быть конфликты. Либо используйте
jQuery(), либо оберните свой код в
jQuery(document).ready(function ($) { /*...*/ }) (или короче:
jQuery(function ($) {/*...*/}), но тогда не очень удобно искать все
.ready события по проекту, тут уже на ваш вкус) и уже внутри используйте
$().
Не уверен что это решит вашу проблему, но в любом случае к этому стоит прислушаться.