trueClearThinker

Использую уже месяца 4 в качестве мини-сервера, файло-помойки и торренто-качалки — внутри линукс. Вполне справляется с задачами. Работает быстро, не шумит, не греется, сам обновляется. MacOS хранит там TimeMachine.
Единственное, что не нравится. Слетают установленные программы после очередного обновления (решается баш скриптиком, который сам все устанавливает обратно).

Сначала, надо исправить html-код. Вложенные ul должны быть внутри li. Javascript будет примерно таким:

$('input').change(function() {
	if($(this).is(':checked'))
		$(this).parents('li').find('> input').removeAttr('checked');
	else
		$(this).parents('li').find('> input').attr('checked', 'checked');
});

Crumpler Belly весьма неплох в т.ч. по защищенности, сам пользуюсь — весьма доволен.

Sequel Pro

Есть вариант отправлять запрос на сервер, связанный с принт-сервером, который будет выводить на принтер. По-моему, самое разумное решение в данном случае.

В личных проектах использую Collabtive. Думаю, если студия небольшая будет достаточно. Там есть все фишки для трекинга времени, постановки задач и пр.