Обычное поведение на сенсорных экранах. Либо убирайте ховер для сенсорных, либо смиритесь.
P.S.: Не кажется ли вам, что load за 6,96 секунд немного много? Даже не на самом плохом компьютере сайт грузится постепенно. А на iPhone 5s это выглядит еще ужаснее, когда половина страницы еще не загрузилась. Делайте прелоадер.
Если делать на чистом HTML - создаете header.html и в нужном месте в index.html пишете <div w3-include-html="header.html"></div>.
А вообще, в nginx и apache есть свои функции include, которые позволяют делать то же.
Никак от этого не защититься. Если браузер показывает страницу, значит он ее может откуда-то прочитать, а именно ваш сервер отдал браузеру все необходимые для этого элементы: HTML, CSS, JS.
Конечно можно прибегнуть к очень приятным на глаз способам, таким как обфусцирование или перехват F12/Ctr+U, но от настоящих профессионалов это не спасет.