Это выглядит как различные веб-сервера. Разумеется, размещены изолировано.
Единственное: где-нибудь на входе происходит разделение, например, в nginx.
Настраивайте, чтобы nginx на основании имени домена (тег server в конфигурационном файле) отправлял запрос на обработку в разный upstream
Ну а получившее в обработку запрос приложение даже не подозревает, что получило его не от клиента напрямую, а через nginx.
Единственное отличие - если вам важен IP-адрес клиента, то его нужно прокинуть до upstream.
Если же вам IP-адрес клиента не важен - то работа нескольких приложений никак не отличается от работы их в одного.
P.S.:
Разумеется у приложений будут разные порты IP. Порты 80 (http) и 443 (https) будут обрабатываться исключительно nginx.