У себя на работе пользуюсь
configserver.com/cp/cxs.html
обычную малварь для популярных ЦМСов ловит хорошо.
Используется постоянная защита + регулярные проверки (на случай если малварь загрузили вчера а в базу сигнатур антивируса ее добавили только сегодня)