1. Вам не нужен space-between.
Потому что следующим ходом выяснится, что если число дочерних блоков не кратно 4, то выглядит плохо.
2. Если ширина обертки и дочерних блоков фиксирована, то просто используйте
.item:not(:nth-child(4n)) {
margin-right: calc(100px / 3);
}
Альтернатива еще одна обертка с отрицательными margin и margin с двух сторон для дочерних.
3. Вообще достаточно уменьшить ширину контейнера на 1px (как угодно, шириной, отступом), чтобы пятый элемент не смог влезть и компенсировать это отступами дочерних.
Но непонятно, зачем всё это нужно, если есть гриды.
https://jsfiddle.net/qgdLw3z1/