from copy import deepcopy
i = 0
a = [[3,5]]
a1 = []
while i < 5:
z = i + 4
x = i + 7
s = [z, x]
a.append(s)
temp_a = deepcopy(a)
a1.append(temp_a)
i = i + 1
print(a)
print(a1)
Читайте документацию и статьи по спискам в питоне. Как их правильно копировать, что такое указатели.