Vladislav Svetlovskiy

Работать с таблицей значений мультиполей для записи/изменения или удаления напрямую нельзя.

Используйте методы CCrmLead или CCrmContact.

Например для контакта (взято отсюда):

$contactFields = [
    "FM"       => [
        "PHONE" => [
            // Телефон с ID 3567 будет изменен
            "3567" => [
                "VALUE"      => '+78889996644',
                "VALUE_TYPE" => "WORK",
            ],
            // Телефон в ID 1234 будет удален
            "1234" => [
                "VALUE"      => '',
                "VALUE_TYPE" => "HOME",
            ]
        ],
    ],
];

$contactEntity = new \CCrmContact(false);

$isUpdateSuccess = $contactEntity->Update($contactId);

А вот как раз 3567 и 1234 вы можете получить либо через GetList той же сущности, либо через FieldMultiTable.