Еще один вариант есть: одна база — каждому по таблице. Выглядеть будет не красиво, но уберет по как минимум одному минусу из обоих фронтов.
В пределах одной базы таблицами манипулировать просто.
В случае локального размещения данных у клиентов, в любом случае придется договариваться про их обновление.
Я делал систему, в которой для одной сущности выделяли одну таблицу (грубо говоря) ибо данных было много, и сущность работала себе изолированно, но в пределах одной базы. Если данных очень много, это так же увеличит скорость как и работа с несколькими базами.