По-умолчанию `systemctl` без sudo не просит пароль на амазоне (проверил только что). Возможно у вас просит из за того, что вы пробовали его установить.
Все верно, пароля нет(амазон не выдает пароль при создании сервера, а только ssh ключ). Пользователь по-умолчанию добавлен в группу sudo и может выполнять команды от рута без пароля.
Антон: Из за NTFS может быть проблема из за CR/LF, может где-то пропали права на исполнение у .sh. Я бы собрал docker image с установленными необходимыми глобальными и локальными пакетами и работал бы с ним.