сложно сказать, где именно загвоздка, не зная, какие ошибки. возможные проблемы:
* политика со Startup policy processing wait time так и не применилась на целевом компьютере, и он ничего не ждёт. тогда в логах будут ошибки вроде 1129 или 1274. в этом случае надо на нём применить gpupdate /force и попробовать снова.
* с политиками всё нормально, но скрипты пытаются запуститься до сети. тогда ошибки должны будут каким-либо образом сыпаться от скриптов. в этом случае можно
a) вставить в скрипты проверки на доступность сети;
b) выставить политику "Always wait for the network at computer startup and logon" (см. https://stackoverflow.com/a/26256081 )
с) заменить везде, где можно, скрипты на GPP. если у вас все машины >= WinXP SP3, то это не составит особых проблем (на WinXP придётся дополнительно ставить пакет для GPP, но это решаемо).
да, оно. не заметил в вопросе, что пробовали. кстати, какое значение выставляли? для случая установки msi пакетов мне как-то раз пришлось выставить 120 сек.