Как вариант, двум командам стоит чисто для удобства юзать один и тот же сервис, независимо друг от друга. На те проекты, где задействована другая команда, давать гостевой доступ. Как минимум, в Планфиксе такое есть, в других тоже встречал.
"главный админ не имеет прав доступа ко всем проектам сервиса. " - требование очень сложное с точки зрения логики :)
