Почему SSD начинает тормозить спустя примерно сутки после загрузки?

Особенно обратить внимание на размер и чтение hiberfil.sys. Можно даже сделать эксперимент после пробуждения сразу открыть монитор производительности.

Как создать RAID 1 с существующего физического диска разделённого на 2 логических?

Соглашусь с rPman,
в данном случае вам можно либо предоставить 2ой диск снова, чтобы raid1 ребилдился корректно, т.е. с системным разделом. Если это слишком сложно, можно сделать бэкап данных, собрать рейд с нуля, и восстановить систему из бэкапа. Насчет вашего образа диска он может не подойти так как не понятно каким образом он делался, это бэкап одного диска или данных с рейда... Рейд с биоса не сделать, если только в биосе нет ссылки на утилиту контроллера. Обычно в такие утилиты можно зайти отдельно при загрузки сервера. Но для такой информации нужны данные по аппаратной части (модель сервера, модель контроллера, дисков, ОС).

Можно ли включить удаленный сервер с помощью zabbix?

С помощью функционала Wakeup on LAN (WOL), если сервер аппраратно поддерживает такое.
На забиксе нужно поставить пакет такого функционала:
# sudo apt-get install wakeonlan
## wakeonlan -i [ip adress] -p [port 9 default] [MAC adress]
и отправлять через скрипт magic packet