Это бред заказчика, если уж откровенно говорить.
Единственный более-менее разумный вариант работы приложения на двух разных фреймворках это разводить по фреймворкам на уровне маршрутизации реверс-прокси.
Типа вот если у нас идут ссылки /gallery/my-awesome-gallery, то делаем делаем upstream на 127.0.0.1:8889, где у нас висит Phalcon, а все остальные ссылки на 127.0.0.1:8888, где CI.
Писать в одном файле код для двух фреймворков - это ад, поддерживать это будет невозможно.
