Чтобы не было, как вы пишите, "накопительного эффекта в миграциях" их надо выполнять - doctrine:migrations:migrate
После этого создадутся необходимые таблицы. А так доктрина каждый раз сопоставляет сущности с тем что есть в бд и исходя из этого делает класс миграции.
