Понимаю, что прошел год и автору не актуально, но может кому-то пригодится (или сам забуду и найду свой ответ?)
У меня была такая же проблема - запускаю бота, ошибок нет, но в чате не отвечает
Оказалось, что в проекте есть 2 файла - bot.js и run.js - именно второй файл надо запускать, в нем строки запуска бота
import {bot} from "./bot.js";
// Запустите бота.
await bot.start();
Разделение делалось для тестирования (или еще для чего-то)