во-первых, уже лет 10 все используют querySelector вместо getElementById и getElementsByClassName.
во-вторых время выполнения скрипта, так, как вы его подклдючили, - до появления элемента #scroller на странице.
document.addEventListener("DOMContentLoaded", function(event) {
var scroller = document.querySelector('#scroller');
var main = document.querySelector('.main');
var other = document.querySelector('.other');
var container = document.querySelector('.container');
scroller.onclick = function () {
var topPosition = getComputedStyle(container).marginTop;
container.style.marginLeft = parseInt(topPosition) - window.innerHeight + 'px';
}
});
