SVN не надо.
Git и Mercurial нормально.
Git распространеннее. Mercurial проще для новичков (имхо).
GitHub - это хостинг для Git. Приватные репозитарии только за деньги, открытые бесплатно.
Альтернатива - BitBucket. Поддерживает Git и Mercurial, до пяти приватных реп бесплатно.
Версионирование в Mysql - вопрос сложный.
Если для резервных копий, то лучше раз в X дней создавать полные копии и каждые Y часов инкрементные с помощью
www.percona.com/software/percona-xtrabackup