Да, можно спокойно без проблем использовать.
Пара правил для таких систем (из личного опыта):
— Не делать совместных запросов на изменение. Лучше делать запрос к каждому виду таблицы по отдельности.
— Типы связанных полей должны быть полностью одинаковыми.
— Для бекапа использовать сохранения в дамп. Никакого копирования файлов — чревато порчей данных.
