С транзакциями будут проблемы. rallback будет работать странно: он откатит только часть изменений — ту часть которая была сделана в InnoDB. А ту которая в MyISAM оставит. Естественно, это проявится не только на rallback, но может проявится например при падении сервера, когда foreign keys сработать не успеют, транзакция откатится частично.