Товар по факту один, но так как ему присвоено несколько категорий одновременно, этот товар имеет разные адреса и Яндекс Веб мастер ругается, что по факту у вас есть дубликаты страниц, у которых одинаковый title и description.
Но происходит это если изменить стандартную структуру ссылок Woocommece и начать добавлять в адреса товаров название категории.
Сам пока не нашел решения этой проблемы в таких ситуациях.