Конечно из базы! Также стоит задуматься о хранении скриптов и стилей в отдельных табличках.
Выгода: колоссальная, вы только представьте в вашем index.php будут в итоге всего лишь несколько запросов к базе - на подключение разметки/шаблона, скриптов и стилей, а не всякий лапшакод из html, js, css и php вперемешку

Для многих будет полезно как мне кажется про кастомизацию тем.

В сРунете куча постов про разработку тем под wp (тысячи их, полторы калеки из которых - нормальные), а вот узнать как пилятся темы подобные на themeforest с кучей кастомизации, настроек можно только из зарубежных статей блогов - спрос на ваши статьи мне кажется будет.

Вторая тема, почему то не заслуженно не раскрытая в русскоязычной сети, но достаточно распространенная среди зарубежных wp-блогов - деплоймент wp в связке с git'ом, ну или вообще wp и контроль версий.

чисто, имхо

шапка фиксированная, как я понял..

можно двумя способами отследить что вы дошли до второго блока, но оба так или иначе с применением .scrollTop():
$('#page1').outerHeight() - высота первого блока, если блоки идут встык;
$('#page2').offset().top - положение второго блока относительно начала страницы

В общем проверяете скролл, если скролл равен значению положения второго элемента - запускаете анимации, меняете классы хедеру, в общем все, что вашей душе угодно