Конечно из базы! Также стоит задуматься о хранении скриптов и стилей в отдельных табличках.
Выгода: колоссальная, вы только представьте в вашем index.php будут в итоге всего лишь несколько запросов к базе - на подключение разметки/шаблона, скриптов и стилей, а не всякий лапшакод из html, js, css и php вперемешку