мало инфы, структура, типы данных в полях, кодировки, больше! :)
1. На «маленькие» запросы типа select 1 — реагирует нормально? Не возвращает ноль?
2. mssql_num_rows возвращает 1?
3. чтобы окончательно убедиться что проблема в настройке — попробуйте приконектиться через odbc_connect.