Кому интересно, проблема решилась через техподдержку bitrix довольно быстро.
Если в адресную строку в админке вписать следующее:
/bitrix/admin/update_system.php?lang=ru&BX_SUPPORT_MODE=Y
из-за параметра BX_SUPPORT_MODE=Y включится специальное меню, которое в обычном режиме не показывается.
После нужно было просто перезагрузить файлы главного модуля.
При этом перезагрузка файлов может происходить довольно долго и в итоге показывается ошибка 502, но тем не менее скрипт продолжает работать дальше и через некоторое время админка снова отрисовывается с рабочим модулем отладки. Такой себе ресет модуля получается.