Валентин Гетьман

Это проблема не javafx и даже не самой java а конкретно windows и его notepad.
В мире принято перенос строки выполнять кодами просто через \n (код LF или U+000A) и это корректно для линуксов\маков\андроидов\айосов и всего прочего.
В мире майкрософт и их windows требуется код \n\r (код LF и CR) и так работает все штатное в системе. Некоторые разработчики или ЯП автоматом умеют определять что же тут подразумевается, как пример тотже саблайм. Винда же и ее блокнот этого делать не умеют.
Знак новой строки обычно называют EOL (End Of Line).
Так что если вам так важен блокнот винды то заменяйте EOL на корректные и все будет работать.