Варианты:
1)переназначить шорткаты в остальных прогах
2)назначить для смены раскладки другой,к примеру CapsLock
3)назначить не ctrl + shift ,а shift+ctrl (где то мне попадала статья ,но не вспомню,не найду.
ps
ИМХО вместо sublime пользовать geany
зы
посмотреть что/много ли у вас забиндено на кнопки ctrl + shift
gsettings list-recursively | grep -i '<Ctrl><Shift>'
все неиспользуемые мной шорткаты ,я всегда удаляю ,чтобы не мешали и не конфликтовали.