sonicfx

Лёгкий вариант:

1. Физически отключаете первый диск
   
2. Удаляете существующие разделы с виндой или полностью очищаете весь второй диск
   
3. Устанавливаете винду на пустое место в начале диска
   

Более весёлый вариант с ручным созданием загрузочного раздела:

1. Качаете загрузочный образ Acronis DD или GParted и записываете на флешку
   
2. Качаете установочный образ винды или WinPE и записываете на вторую флешку (или сразу WinPE с акронисом внутри)
   
3. Загружаетесь с образа с редактором дисков
   
4. Откусываете в начале системного диска 100 Мб свободного места, а так же убираете любое другое свободное место на диске (иначе оно будет использоваться) и применяете изменения
   
5. Выключаете ПК
   
6. Отключаете физически первый диск
   
7. Загружаетесь с режиме восстановления с установочного диска винды или в WinPE
   
8. Запускаете командную строку
   
9. В командной строке запускаете diskpart
   
10. Проверяете список дисков: list disk — в случае нескольких дисков и для выбора нужного диска
    
11. Выбираете диск: select disk N, где N — номер целевого диска
    
12. Проверяете список томов диска: list volume — увидете тома вашего целевого диска
    
13. Создаёте раздел EFI: create partition EFI
    По умолчанию раздел создаётся в первом свободном блоке, но по факту может создаться в любом свободном месте и на всё свободное пространство — видимо там своя логика счёта свободного места. В моём случае было два куска: 117Мб перед диском и 514Мб после — новый раздел был создан после системного раздела. Поэтому и надо выделять свободное место в начале диска, а всё остальное убирать. А если разделов на диске нет — то в этом случае надо использовать параметр size=N и указывать точный размер в мегабайтах создаваемого раздела.
    
14. Повторно проверяете список томов диска: list volume — увидите номер раздела EFI
    
15. Выбираете раздел EFI: select volume N, где N — номер раздела
    
16. Форматируете: format fs=fat32 quick
    
17. Назначаете букву диска: assign letter=Z — буква нужна для копирования загрузочных файлов
    
18. Завершаете работу с diskpart: exit
    
19. Копируете загрузочные файлы в раздел EFI: bcdboot C:\Windows /s Z: /f UEFI
    
20. Перезагружаетесь
    

Теперь винда должна загружаться и работать как надо (тыц). Если не работает - значит, что-то пошло не так или была ошибка на каком-то этапе.

Более подробно про особенности установки нескольких ОС вот тут: Не будет ли конфликтов между виндой и линуксом, если линукс поставить второй системой?