Парни из WooThemes действительно огонь, но делают они не так ровно по другой причине. Они Производят и плагин и тему, соответственно зачем им включать плагин в тему, если там их и так все устраивает?
Ежели вы хотите менять по всякому, то путь именно такой копируете папку templates, и меняете всякое в ней, но и всю папку копировать не надо, а ровно те шаблоны, которые вы меняете, зачем нагружать тему лишними файлами,
у меня это устроено так
настройки выношу в отдельный файл.
По поводу остального, WooCommerce тем и крут, что его можно крутить как хочется, и именно для этого там во всю и используются фильтры и экшены.
Да и вообще использование данных возможностей, есть хороший тон при разработке к примеру, я разрабатываю всякое на собственном фреймвоке, все акшены вынесены у меня в отдельный файл, что позволяет без каких либо лишних телодвижений гнуть проект в любую сторону.
