Изучаю vue посмотрел несколько курсов, почитал документацию, создал обычный todo list на vue, что писать дальше идей нету =(

Посоветую добавить функционал в свой вариант todo list, написать тесты, улучшить визуальную составляющую, превратить чисто клиентское приложение в клиент-серверное(можно без бекенда, к примеру через Firebase), ... По функционалу, к примеру, можно добавить возможность создания многоуровнего списка задач, выставления тегов, автоархивирование задач по времени устаревания, заполнение задач по шаблонам (по подобию snippet), разделить списки задач на личные и рабочие, ... Если создавать клиент серверное решение, то появится возможность создавать списки задач для совместной деятельности, синхронизация между устройствами, ...
К чему все это. Надо учиться доводить проекты до логического конца, приобретать навыки в рефакторинге, учиться улучшать проект и поддерживать на плаву. Такой подход поможет приобрести практические навыки, которые востребованы на рынке труда, а не научиться фрагментарным знаниям и навыкам. "Погружение в глубину", так скажем, приблизит Вас к миру разработок ПО практикуемые в крупных компаниях и экспертов в программировании. Выходите за рамки стандартных шаблонов обучения, доработайте идею проекта и совершенствуте чистоту Вашего кода.
И напоследок, если в Вы это еще не сделали:

• Освойте распределенную систему хранения версии - git. Зарегистрируйтесь на одном из популярных сервисов (Github, Bitbucket, GitLab, ...), если хотите, то можно выложить проект даже как open source
  
• Начните писать тесты для свох программ. Недавно вышел перевод популярной книги "Тестирование компонентов Vue.js с помощью Jest". Есть так же хорошая стандартная документация на русском языке по тестированию в Vue
  
• Пригласите в свой проект друзей и/или знакомых. Не обязательно программистов: переводчиков, дизайнеров, бухгалтеров, юристов и т.д. Будет не скучно и проект обогатится новыми идеями.
  
• Идея "Eating your own dog food". Начните использовать свою программу для ведения личных дел или к примеру на работе. Опять же, "подсадите" своих родственников и друзей на Вашу программу. Так Вы не устаните улучшать программу и разработка ускорится в разы.
  

Человек Паук, для новичка программиста при обучении основ программирования в теории графов нет необходимости. Это я Вам говорю, как дипломированный математик прикладник с опытом работы в индустрии разработки ПО.

Дискретная математика с современному программированию имеет опосредованное отношение. Согласен, что для тех, кто претендует на звание среднего уровня или эксперта крайне желательно знать графы, алгоритмы сортировки, местами комбинаторику и т.д.

Для новичков, рекомендую "потреблять легкую пищу" при обучении. Основы алгоритмов, методологии программирования (хотя бы императивный подход и ООП), практические навыки работы с инструментами программистов (tooling: IDE, линтеры, VCS, инструменты для сборки и/или упаковщики), технологии (http, ajax, сериализация, ...), ...

Объясните, пожалуйста, новичку, зачем нужно изучать ее и как и где она применяется.

На практике, много где применяется:

1. Не понимая основ графов, можно запросто запутаться и испортить репозитории в git. Точно так же понадобится для анализа дерева зависимостей и разрешения проблем связанных с ним (смотри).
   
2. При отладке программ и профилировании зачастую приходится смотреть AST.
   
3. Нахождение путей, определение цикличностей и т.д. понадобятся, когда Ваши данные хорошо подходят для представления в качестве графов. К примеру социальные сети, GPS навигация, множество абстракции в компьютерных играх и т.д.
   

По поводу Jython согласен.
А Illia Nezhyhai не прав. Cython != CPython. CPython действительно реализация языка, но Cython - это самостоятельный язык, синтаксисом напоминающим микс Python и C.

>>> Зачем они нужны?
Cython используют часто для написания компилируемых расширении для Python.
Преимущество в повышении производительности и понижении потреблении памяти.
Но может служить и для написания самостоятельных программ.
Подробнее: https://ru.wikipedia.org/wiki/Cython

У Вас две проблемы, хоть они и связаны. Первым делом нужно устранить проблемы. Вопросом производительности заняться после устранения ошибок, т.к. без наличия проблем это будет исключительно оптимизация.

Проблемы бывают аппаратные и программные. Советы по диагностике аппаратных проблем:

• Проверьте температуру процессора, мат. платы, видеокарты и т.д. в штатном режиме. Проследите не происходит ли перегрева.
  
• Как советовал dollar, проверьте оперативную память. В компьютерах брендов утилита для проверки памяти зачастую встроена в BIOS. Или создайте загрузочный диск на USB носителе или CD/DVD с дистрибутивом LInux (Ununtu, ...). Практических во всех в меню загрузки есть Memtest
  
• Посмотрите отчет S.M.A.R.T. о своем диске, возможно происходит деградация диска. В интернете можно бесплатно скачать утилиты для просмотра информации о SMART
  

Программные проблемы:

• Посмотрите журнал ошибок WIndows (Панель управления > Администрирование > Просмотр событий). Службы Windows записывают туда отчет о своей работе. Красными кружочками обозначены проблемы и указывается код ошибки, это поможет найти способ его устранения
  
• В консоли (cmd) запустите проверку диска на ошибки. chkdsk c: /f /r Скорее всего потребуется перезагрузка для начала проверки
  
• Помимо своего штатного антивируса просканируйте бесплатными сканерами других производителей (cureit, ...). Любой хороший антивирус определяет к примеру 90-97% вирусов, но у разных производителей базы вирусов чуть отличается. Сомнительные файлы проверьте через сайт www.virustotal.com
  
• Не советую пользоваться утилитами для чистки и оптимизации проблем. Положительным в ним является то, что не требуется знания для их использования. Негативным фактором служит то, что помимо исправления проблем они вполне могут их и порождать. И еще устанавливает вместе с собой множество ненужных рекламных программ и даже вирусов
  

Абсолютно все невозможно предусмотреть и рассказать. Поможет поэтапная проверка и уменьшении области для проверок. Если будете действовать как надо, то будете знать чем проблема не связана.