контакты находятся не на одном уровне по глубине, это может привести к кз?
Нет. Не зря же каждый пин окружён изолирующим ограждением. То, что они закреплены не жёстко и шатаются, не должно вас беспокоить, это сделано специально, для облегчения центровки при вставлении.
Я правильно понимаю, что 4+4 пин - это одна общая линия 12 вольт, единая, много проводов только чтобы провода не грелись, или это отдельные части питальника запитываются по 2-м разным линиям?
Правильно вы понимаете, все провода одинакового цвета тупо запараллелены. Это легко подтвердить омметром.
Или проводки перепутаны в шлейфе?
Да, это может привести к наблюдаемому эффекту. Но уж слишком это маловероятно. Чтобы это произошло, должен найтись какой-то ваш личный недоброжелатель, способный на диверсию, и у него должен найтись спец.инструмент для выдавливания контактов из разъёма.
