Георгий

Так порт последовательный или параллельный? Если последовательный, то комментатор вам предложил годное решение, а если каким-то чудом параллельный, то так:
Пишете программу на c++, которая сможет управляться аргументами коммандной строки типа такого controller.exe /p LPT1 /relay 2
Далее в php что-то типа такого exec("controller.exe /p LPT1 /relay".$relay); где $relay - релюха, которую вы будете врубать. Нужна будет помощь, пишите https://vk.com/vadimkholodilo

CGI позволяет вам вашу программу запускать вообще без php.
Вам нужно подучить html/http и соответственно ваша программа должна генерить для apache html страничку.

Пишете консольную программу на C/C++/чем угодно, которая взаимодействует с LPT портом, и умеет выдавать результат в text или html
Изучаете html формы (как создать кнопку, при нажатии которой вызывается файлик)

В Apache настраиваете поддержку cgi - включаете cgi модуль
LoadModule cgi_module modules/mod_cgi.so

Добавляете cgi хендлер
AddHandler cgi-script .cgi
или
AddHandler cgi-script .exe

Разрешаете использование cgi в каталоге сайта, или даже в DocumentRoot
Options ExecCGI

пробуете www.mysite.com/myprogram.exe

Или можно пойти другим ходом. Вы знаете PHP, не зная других языков и вам нужно работать с последовательным портом. Например, та же Arduino хоть и подключается по USB, определяется как COM-порт. Для PHP есть библиотеки для работы с ним. К примеру вот: https://github.com/lepiaf/serialport
Используя эту или подобную библиотеку вы или избавитель от моста или же напишете его на PHP. Удачи.

heidiSQL