Алексей Скобкин

Посмотреть на MVC-микрофреймворки.

Заранее попрошу без Doctrine и подобных "танков"

По секрету расскажу, что Doctrine - это не только ORM, но ещё и DBAL, например. Независимо друг от друга.

Следуя вашей логике, раз доверять пользователю нельзя, вы будете получать эти значения из БД и проверять/переопределять то, что в cookies. Но тогда, если вы уже получаете значения из БД, возникает вопрос: зачем вы хранили данные в cookies, если не можете им доверять?

Можно это сделать не PhpStorm, а например, php-cs-fixer.

Перестать заниматься фигнёй и разрабатывать/отлаживать код локально в персональной виртуальной машине / контейнере.

https://www.highcharts.com/demo

А почему вы не можете валидировать данные до передачи в сущность?
Если посмотрите на тот же фреймворк Symfony - компонент валидации вообще не привязан к другим частям системы.

Если абстрагироваться от того, что вы используете для работы с MySQL deprecated-расширение и не используете prepared statements, то проблема ваша как минимум в том, что вы не читали документацию:
php.net/manual/ru/function.mysql-query.php

Для запросов SELECT, SHOW, DESCRIBE, EXPLAIN и других запросов, возвращающих результат из нескольких рядов, mysql_query() возвращает дескриптор результата запроса (resource), или FALSE в случае ошибки.

Вы получили дескриптор и пытаетесь с ним работать как с массивом.

Перезапускайте PHP-FPM. Или создайте скрипт, который дёргает opcache_reset() и выполняйте его после деплоя (автоматически).

На странице репозитория же написано, что делает эта библиотека.
https://github.com/composer/semver

Semver library that offers utilities, version constraint parsing and validation.

php.net/manual/ru/imagick.resizeimage.php
php.net/manual/ru/gmagick.resizeimage.php

php.net/manual/ru/function.urlencode.php

Умный браузер и так преобразует urlencoded-строку в строку с кириллицей.

Скачать его в память и отправить после этого POST-запрос.

Он вам светло-серым по тёмно-серому пишет: динамические подключения файлов обработаны его статическим анализатором не будут.